Diplomarbeitsthema: Data Provenance und Quality (Biobanken)

Biobanken lagern Biomaterialien (von Lebewesen entnommene Proben) und stellen diese der Forschung zur Verfügung. Die Verwendbarkeit des Materials für eine bestimmte Studie und den damit verbundenen Untersuchungen wird nicht nur durch die Art des Materials und Taug­lichkeit des Spenders bestimmt, sondern auch durch die Qualität der Probe. Diese Qualität wird stark durch die handelnden Personen und Prozeduren während Gewinnung, Verarbeitung, Transport und Lagerung der Probe beeinflusst. Beispielsweise sind bestimmte labortechnische Methoden nicht mehr anwendbar wenn eine Probe nach der Entnahme nicht innerhalb einer Stunde eingefroren wurde.

Ziel der Arbeit ist es, Forscher dabei zu unterstützen die richtigen Proben innerhalb einer Biobank zu finden, indem sie neben der Material- und Spenderbeschreibung zusätzlich die benötigte Qualität angeben können.

Ausgangssituation/Szenario:

  • Entnahme, Verarbeitung, Transport, Vorbereitung und Lagerung von Proben ist ein definierter Prozess (der Prozess wird von uns vorgegeben, bzw. aus bestehenden Standards abgeleitet)
  • während dieses Prozesses werden Daten erhoben und gespeichert (~Provenance Informationen, Log, …)
  • aus diesen Daten können qualitative Aussagen abgeleitet werden (z.B. eingefroren innerhalb einer gewissen Toleranzspanne, von einem Experten)
  • dies ermöglicht die Suche nach Proben unter Berücksichtigung von definierten Qualitätskriterien

Erwartete Ergebnisse:

  • Entwurf eines Provenance-Modells für den Anwendungsfall (welche Informationen werden zu welchem Prozess-Schritt benötigt/er­zeugt/ge­speichert)
  • Entwurf eines Qualitäts-Modells, zur Beschreibung der Qualität der verfügbaren Informationen
  • Abbildung des Modells in einer Datenbank; Erzeugung von Testdaten
  • Prototyp: Implementierung einer Suchoberfläche mit Filtern; Such­anfrage inkl. Qualitätskriterien erzeugt entsprechende Query, welche passende Proben liefert)

Kontakt: Prof. Johann Eder, Dr. Horst Pichler

Share
Tags »

Autor:
Datum: Donnerstag, 30. März 2017 15:41
Trackback: Trackback-URL Themengebiet: DA_Information Systems, DA_ISYS, Diplomarbeit

Feed zum Beitrag: RSS 2.0 Diesen Artikel kommentieren

Kommentar abgeben